USB Type-C 與 USB 3.1 某種程度上是不同的東西。USB Type-C 雖然是 USB 3.1 標準的一部分，但 USB Type-C 這個規範，其實是在定義連接器的介面樣式，USB 3.1 卻是一套傳輸標準。對消費者來說，USB Type-C 可視為一枚接頭的「外型」，而這個「外型」則可以內嵌不同的傳輸標準，例如 USB 3.1，Thunderbolt 3。
一個傳輸標準為 Thunderbolt 3 的 USB Type-C 接孔，如果連接上支援 Thunderbolt 3 的外接硬碟，則可以達到40GB/s傳輸速度。由於 Thunderbolt 3 也向下相容 USB 3.1，因此 USB Type-C 也可以插 USB 3.1 的外接硬碟，不過速度會下降10GB/s（USB 3.1 的理論速率） 。若是反過來，在一個 USB 3.1 傳輸標準的 USB Type-C 接孔插上 Thunderbolt 3 的外接硬碟，則因規格不支援無法使用。